Lonnan saaressa on runsaasti lähes luonnontilaista merenrantakasvillisuutta. Lonnan sisäosissa ihmisen vaikutus lajistoon on ollut tuntuva. Saaren historiasta kertovat mm. venäläistulokkaat (harmio, ukonpalko ja kaakonhanhikki) sekä pihakedoille levittäytynyt koristekasvi tarhatyräkki. Puustoon kuuluvat kookkaat saarnet sekä rannan luontainen tervaleppäreunus.
Lonnassa pesii noin 20 lintulajia. Yleisimmät lajit ovat valkoposkihanki, haahka ja kalalokki. Lonnan saarella on myös vuosia pesinyt joutsenpariskunta.
